Toen na de reformatie afwijkende vormen van het christelijk geloof een groep vaste volgelingen verwierven en als nieuwe religieuze bewegingen opkwamen, kregen ze bijna altijd met extreme intolerantie te maken. De hutterieten die oorspronkelijk uit Tirol kwamen, werden herhaaldelijk over de kling gejaagd en door heel centraal Europa gedwongen van de ene naar de andere nederzetting te vluchten. Eind 17e eeuw kregen de quakers in Engeland met voortdurende kwellingen te maken en werden velen van hen vanwege hun geloofsovertuiging in de gevangenis gezet. De vroege methodisten uit de 18e eeuw werden veelvuldig vervolgd en enkele van hun gebedshuizen werden in brand gestoken. Lokale wetsdienaren en magistraten waren vaak betrokken bij dergelijke vervolgingen, ze stimuleerden de menigte en beschouwden deze religieuzen, die zich aan de wet hielden, als daders in plaats van als slachtoffers. In het laat 19e-eeuwse Engeland leden de vroege aanhangers van het Leger des Heils onder dezelfde vijandigheid. In het tijdsbestek van slechts één jaar werden meer dan 600 van zijn “soldaten” aangevallen door “roughs”, waarvan de Leger des Heilssoldaten geloofden dat ze werden aangemoedigd door de invloedrijke bierbrouwindustrie. Aan de andere kant werd in de loop van enkele jaren eenzelfde aantal medewerkers van het Leger des Heils gevangen gezet vanwege zulke dubieuze en misschien wel verzonnen aanklachten als het versperren van de hoofdweg. In Zwitserland werden ze aan het einde van de 19e eeuw veroordeeld voor bedrog en financiële exploitatie, aanklachten gelijk aan die tegen mormoonse missionarissen in Scandinavië eerder die eeuw.
Begin 20e eeuw werd de tegenstand tegen sommige religies in andere vormen geuit: christian science werd vreselijk beschuldigd vanwege haar claims op spirituele genezing en haar ontkenning van de realiteit van materie, maar de veroordeling was vooral in woorden, van de satire van Mark Twain tot de ernstige aanval van de gerenommeerde historicus, H.A.L. Fisher, onder een ware stortvloed van vijandige opmerkingen van priesters, artsen en, wat luchthartiger, een genre smaadschriften, cartoons en satirische romans. Voor de oppositie tegen de jehova’s getuigen, die in de eerste helft van de 20e eeuw nog als een nieuwe beweging werden gezien, werden vaak fysieke middelen gebruikt. Tijdens de Tweede Wereldoorlog hadden ze in de Verenigde Staten met groepsgeweld te maken en sommigen van hen werden met pek en veren besmeurd. Ze werden vervolgd omdat ze weigerden naar de vlag te salueren en het nationale volkslied te zingen, niet alleen in de Verenigde Staten maar ook in landen als Malawi. En zelfs de laatste decennia nog leidden hun gewetensbezwaren tegen militaire dienst tot rechtsvervolging in Frankrijk, Spanje en Griekenland. In Quebec werd deze sekte die zich aan de wet hield, in de jaren 40 en 50 van de 20e eeuw meedogenloos vervolgd door regeringsfunctionarissen vanwege een groot scala aan veronderstelde overtredingen van de wet. Hier zijn heel veel voorbeelden van – ze dienen om het voortdurend plaatsvinden van religieuze intolerantie en de steeds terugkerende tegenstand tegen nieuwe opkomende religieuze organisaties en nieuwe begrippen van religieuze praktijken te illustreren.
Al deze voorvallen hebben gemeen dat de sekten die er de dupe van werden, allemaal ooit relatief nieuwe religieuze minderheden waren. Omdat ze durfden af te wijken van een of ander voorschrift van de gevestigde religie of ervoor kozen er hun eigen begrippen van goddelijkheid, verlossing en verering op na te houden, of omdat ze de toen gangbare normen van de seculiere maatschappij betwistten, werden ze gewantrouwd en beschouwd als sociale onruststokers.
