Hoewel door autoriteiten van het christendom tegenwoordig geregeld wordt gepreekt voor tolerantie, is het belangrijk dat men zich herinnert dat de traditie van het christendom er een is van intolerantie. In tegenstelling tot de meeste hedendaagse religies, was het christendom vanaf de tijd van Paulus een religie die andere uitsloot en haar volgelingen verbood om andere goden te aanbidden of zich met andere praktijken bezig te houden. Ze was ook een universeel gerichte religie, die verkondigde dat ze de enige ware religie was voor de hele mensheid. Terwijl het Jodendom ook andere zaken buitensloot, was het niet universeel gericht – het was voor mensen die niet tot het Joodse ras hoorden geen normaal beschikbare religieuze keuzemogelijkheid. Het christendom daarentegen, onderwees dat het überhaupt de enige ware religie voor iedereen was. Het was een religie waar men uit vrije wil voor koos en voor moest kiezen. Daarom was het christendom ook een bekerende religie die mensen ervan probeerde te overtuigen dat alle andere religies slecht waren en ze ook als zodanig veroordeelde.
Eeuwenlang heeft de christelijke kerk het als haar belangrijkste taak beschouwd om de heidenen te bekeren, en daaronder rekende het ook iedereen van alle andere geloofsovertuigingen. Terwijl de heidenen bekeerd moesten worden, moesten diegenen die “tot het ware geloof waren gekomen” maar op een of ander punt een conflict met de kerkleer hadden gekregen, niet alleen worden geëxcommuniceerd, maar ook ter dood worden gebracht (de dwingende eis van Thomas van Aquino).
De intolerantie van de christenen ten aanzien van alle andere geloofsovertuigingen werd alleen tijdens de Reformatie verzacht en dan nog maar geleidelijk. De eerste uitingen van tolerantie in Centraal-Europa hadden aanvankelijk alleen betrekking op prinsen, van wier onderdanen verlangd werd dat zij het geloof aanvaardden, katholiek of lutheraans, van hun heerser volgens het principe, dat in 1555 werd aangenomen bij de Vrede van Augsburg, nl., cuius regio, eius religio [in het land van een prins heerst de religie van een prins]. In de verschillende gebieden die onder invloed stonden van de calvinistische hervormde kerk, werden later soms ook calvinisten getolereerd, maar de sekten van de zogenaamde “radicale” reformatie – anabaptisten en hutterieten – en later de socinianen en de unitaristen bleven vervolgd worden, terwijl atheïsten helemaal niet werden getolereerd volgens de theorieën over tolerantie die zelfs door verlichte filosofen als John Locke werden aangemoedigd.
In zo’n samenleving die op religieus gebied pluralistisch is, bestond de beste garantie tegen sociale verdeeldheid niet uit pogingen om religieuze conformiteit op te leggen maar uit het instellen van religieuze verdraagzaamheid als een principe, dat belangrijker is dan de doctrines en geloofsovertuigingen van welke religie dan ook.
Uiteindelijk leidden de door de reformatie aangenomen principes van een “open Bijbel” en “het priesterschap van alle gelovigen” tot een gestage afname van de neiging tot intolerantie zoals die in het traditionele christendom werd gekoesterd. Groepen met afwijkende meningen kregen beperkte rechten om de godsdienst uit te oefenen op de manier waarop zij dat verkozen, wat in 1689 in Engeland zeer opvallend gebeurde onder de wetgeving van William en Mary. De beperkingen bleven echter en verminderden maar heel geleidelijk en werden in de daaropvolgende tweehonderd jaar uiteindelijk afgeschaft. Geleidelijk stapten de heersende klassen in Europa af van de theorie dat sociale saamhorigheid grotendeels afhankelijk was van het handhaven van religieuze conformiteit. Deze les bleek nog nadrukkelijker in de Verenigde Staten, waar men plaats moest bieden aan een bevolking met uiteenlopende religies (waaronder veel vluchtelingen van de godsdienstvervolgingen in Europa). In zo’n samenleving die op religieus gebied pluralistisch is, bestond de beste garantie tegen sociale verdeeldheid niet uit pogingen om religieuze conformiteit op te leggen maar uit het instellen van religieuze verdraagzaamheid als een principe, dat belangrijker is dan de doctrines en geloofsovertuigingen van welke religie dan ook. In tegenstelling tot de oude Europese hypotheses van de noodzaak van religieuze dwang, werd in de Verenigde Staten erkend dat een principe van tolerantie onmisbaar was voor de sociale samenhang van een bevolking met al veel verschillende religies. Zodoende werd in de Amerikaanse context een beroep gedaan op tolerantie en religieuze vrijheid als principes die boven elk bepaald religieus systeem stonden. De creatie van een seculiere staat, waarin de regerende autoriteiten geen religie konden vestigden noch partij konden kiezen voor de ene religie boven de andere, werd de eerste garantie van religieuze rechten.
