In Kroatië definieert de Wet over Rechtspositie van Religieuze Gemeenschappen van 2002 uitgebreid de rechtspositie van religieuze gemeenschappen en bestrijkt zaken als overheidssubsidie, belastingvoordelen en godsdienstonderwijs in scholen. Registratie van religieuze groepen is niet verplicht. Geregistreerde groepen worden echter “rechtspersoon”-status toegekend en hebben belasting- en andere voordelen.
De Scientology Kerk van Kroatië werd officieel geregistreerd als een religieuze organisatie op 22 december 2003 in het Register van Religieuze Gemeenschappen in de Republiek Kroatië. Het Ministerie van Justitie erkende niet alleen de Scientology Kerk van Kroatië; het erkende ook de religie Scientology, zodat andere religieuze organisaties van Scientology in de toekomst ook zouden kunnen worden geregistreerd.
“Goedgekeurd om SCIENTOLOGY KERK IN KROATIË... in het Register van Religieuze Gemeenschappen in Kroatië toe te voegen.”