De Scientology Kerk is een religieuze gezindte met een hiërarchische organisatie en management. Op het laagste niveau van hiërarchie zijn de veldauditors en de door hen geleide Dianetics groepen. Het volgende niveau omvat de Scientology missies die de elementaire diensten van Dianetics en Scientology leveren. Deze zijn een soort van missieposten die ernaar streven nieuwe leden te bereiken. Als een missie groeit en haar activiteit expandeert, zal ze gewoonlijk een Scientology kerk worden. De geestelijken van de Scientology Kerk staan de kerkelijke gemeenschap ten dienste bij problemen, in het huwelijk, gezin of anderszins en voeren de religieuze rituelen van Scientology uit, zoals rondom het naamgeven, het huwelijk en overlijden. Ze houden ook zondagsdiensten.
Saint Hill organisaties zijn centrale kerken, die zich toeleggen op hogere niveaus van auditor training. Zulke centrale kerken bestaan in Los Angeles, Sydney, East Grinstead in Engeland en Kopenhagen. Het spirituele hoofdkwartier van alle scientologen ter wereld is de Flag Service Organization in Clearwater, Florida, dat de hoogste religieuze diensten levert. De Flag Ship Service Organization levert de allerhoogste vorm van auditing (OT VIII). Haar training ervan vindt plaats op het Freewinds schip in de Caraïbische Zee.
De functie van Moederkerk wordt vervuld door de Scientology Kerk Internationaal in Los Angeles, die wereldwijde missie campagnes opzet, training materialen samenstelt en Hubbards religieuze werken in vele talen vertaalt.
