Men realiseerde zich ook dat religies intern helemaal niet altijd een logische samenhang hadden. Zelfs binnen relatief kleine stammengemeenschappen bestaan vaak behoorlijk complexe riten en mythes die vaak niet één logisch samenhangend, intern geïntegreerd en samenhangend systeem vormen. Religie is onderhevig aan verandering en het aantal mythen en rituelen vermeerdert naarmate een samenleving contact heeft met buurlanden of mensen die het land binnenvallen. Bij verschillende situaties en noodgevallen kunnen verschillende riten en geloofsovertuigingen horen (bijvoorbeeld om het te laten regenen; om de oogst goed en dieren en vrouwen vruchtbaar te laten zijn; om bescherming te bieden; om betrekkingen te bestendigen; voor inwijdingen van mensen met een bepaalde leeftijd, enz.). Al dergelijke activiteiten zijn gericht tot bovennatuurlijke instanties (ongeacht hoe die gedefinieerd worden) en worden door geleerden erkend als religieus. In technisch geavanceerdere samenlevingen zijn de codes van religieuze overtuigingen en praktijken in het algemeen gedetailleerder verwoord en laten een grotere interne samenhang en stabiliteit zien, maar zelfs in geavanceerde systemen blijven elementen van diversiteit bestaan. In geen enkele van de grote wereldreligies is een theologisch systeem dat – of schematisering van geloofsovertuigingen die – te maken heeft met het bovennatuurlijke, geheel samenhangend. Er zijn altijd onverklaarde overblijfselen en soms openlijke tegenstrijdigheden. In de meeste, zo niet alle, samenlevingen blijven onder de algemene bevolking overblijfselen van eerdere religieuze stromingen bestaan, zoals elementen van volksreligies. Vervangen religieuze systemen laten vaak hun overblijfselen na bij de systemen die ze vervangen. Zo vonden de praktijken van gelofteoffers en het organiseren van processies langs een houten kistje met kostbaarheden die kenmerkend waren voor de heidense culten in het Romeinse Rijk, hun weg naar christelijke uitvoeringen ervan, net zoals verschillende vroegere mythen uit het Midden-Oosten hun weerklank hadden in christelijke leerstellingen. In de Romeinse tijd werden heidense godheden lichtelijk getransformeerd tot christelijke heiligen, en meer recent is in Latijns-Amerika hetzelfde gebeurd. Naast de uitwendige elementen die van volksreligie zijn blijven bestaan, bevatten de heilige geschriften van alle grote religies interne tegenstellingen en inconsequenties. In de aard van religie zijn vaak dubbelzinnigheden: religieuze taal heeft niet de bedoeling om strikt wetenschappelijk te zijn; ze probeert eerder poëtisch, suggestief en soms sentimenteel te zijn, dan strikt cognitief. Dergelijke taal kan vaak geherinterpreteerd worden, letterlijk, allegorisch, figuurlijk of symbolisch genomen worden en zo verschillende antwoorden geven. Vooral omdat religieuze specialisten geprobeerd hebben religieuze uitspraken te verzoenen met proefondervindelijk bewijs, hebben deze en andere bronnen aanleiding gegeven tot meningsverschillen onder deze geleerden die soms tegengestelde interpretaties en verklarende principes aanhingen die af en toe tot verschillende tradities leidden, zelfs binnen wat breed erkend wordt als zijnde orthodox. Deze zaken vormen één bron van religieuze diversiteit: een andere komt voort uit opzettelijk anders denken.